Chó Phú Quốc thuần chủng phải có thân hình thon gọn nhưng rắn chắc, cân nặng phổ biến từ 12 – 18kg, ngực nở và sâu, eo thon, lưng thẳng. Đầu thuôn dài cân đối với thân hình, mõm nhỏ và thuôn dài, lưỡi có đốm. Mắt nâu và nhìn hung tợn (dân chơi chó Phú Quốc gọi là “mắt cọp”). Chân nhỏ nhắn nhưng gân guốc, các cơ bắp ở đùi, vai và hông rất phát triển giúp chúng có thể đạt tốc độ cao khi săn đuổi con mồi. Đuôi thường cong trên lưng, gọi là “đuôi vót cần câu”. Lông chó phú quốc ngắn và bó sát da, màu sắc lông hết sức đa dạng. Phổ biến nhất là vàng (có thể là vàng nhạt, vàng cam hoặc màu kem), nâu đỏ, đen, hiếm hơn có màu vện (khá hiếm nhưng rất được ưa chuộng), màu nâu socola và hiếm nhất là màu xám. Xoáy lông trên lưng là đặc điểm được dân chơi chó rất ưa chuộng và dùng để nhận dạng chó Phú Quốc “xịn”. Một chú chó có xoáy trên lưng có thể không phải thuần chủng nhưng chắc chắn mang gen của Phú Quốc. Ngoài xoáy lưng, một số chú chó Phú Quốc còn có xoáy ở hai bên cổ, xoáy ở mông,… Chó Phú Quốc thuần chủng có bản tính rất hoang dã, chúng đặc biệt thích đào bới. Nếu được nuôi ở những nơi có không gian rộng rãi với sân đất hoặc đồi núi, chúng có thể đào hang làm nhà, sinh con hoặc đào bới khi săn bắt chuột. Nhiều trường hợp còn ghi nhận chó Phú Quốc đào thủng nền xi măng để trốn ra ngoài. Vì vậy nếu bạn muốn nuôi Phú Quốc thì khâu chuồng trại là rất quan trọng. Hiện nay chưa có một tiêu chuẩn nào thực sự rõ ràng để phân biệt chó Phú Quốc thuần chủng hay không thuần chủng, tất cả đều chỉ dựa vào kinh nghiệm. Thêm vào đó, người mua chó Phú Quốc thường mua chó con, tầm 2 – 3 tháng tuổi nên việc phân biệt càng trở nên khó khăn do ở độ tuổi này chúng chưa thể hiện rõ ràng những đặc điểm về hình thể và tính cách. Vì vậy người ta chủ yếu phân biệt độ thuần chủng dựa vào chó bố mẹ. Người bán cần phải cung cấp ảnh chó bố mẹ, ảnh chúng giao phối, ảnh chó mẹ sinh và nuôi con để chắc chắn không phải chó lai (vì chó lai vẫn có thể có xoáy lưng và các đặc điểm như trên). Một điều quan trọng nữa là như đã nói ở trên, nếu bạn thấy trong đàn chó con có một vài con không có xoáy ở lưng thì cũng không nên kết luận chó bố mẹ không thuần chủng, vì theo lời các chủ trại có thâm niên nuôi và nhân giống chó Phú Quốc thì chỉ có khoảng 40 – 50% chó con sinh ra là có xoáy lưng dù bố mẹ đều là chó Phú Quốc thuần chủng. Chó Phú Quốc là giống chó săn rất giỏi, chúng khi đã truy tìm thì tra đến cùng dấu vết con mồi cũng như rất ít khi bỏ cuộc. Đây là giống chó cảnh rất trung thành và thông minh, chúng tuân thủ mệnh lệnh một cách chính xác mà không tốn nhiều công huấn luyện. Một điểm khá đặ̣c biệt là chó Phú Quốc không ăn những thức ăn do một người khác làm hoặc không phải của chủ nó cho ăn nên rất chúng thường khó bị mắc bẫy hoặc bị dùng thuốc độc tiêu diệt.
